本作在系列中具有里程碑式的意义，它确立了许多后来成为系列核心的设定和能力。与前作不同，游戏不再有复杂的地图结构，而是以消灭特定数量的密特罗德作为推进剧情和解锁地图的条件。每消灭一个区域的密特罗德，就会引发一场地震，导致星球上的酸性液体退潮，从而露出通往下一阶段的道路。
游戏中首次引入了密特罗德的完整生命周期，从水母状的原始形态，进化为 Alpha、Gamma、Zeta，直到巨大的 Omega 形态，每个形态都具有独特的攻击模式和弱点。萨姆斯在本作中获得了多项重要的新能力，包括：蜘蛛球 ，使其能够在墙壁和天花板上爬行；弹簧球 ，让萨姆斯在球形模式下跳跃；以及系列标志性的空间跳跃 ，实现无限滞空连跳。这些能力的组合运用，是玩家探索 SR388 复杂、缺乏明确地图指引的迷宫的关键。
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