本作在系列中具有里程碑式的意義，它確立了許多後來成爲系列核心的設定和能力。與前作不同，遊戲不再有複雜的地圖結構，而是以消滅特定數量的密特羅德作爲推進劇情和解鎖地圖的條件。每消滅一個區域的密特羅德，就會引發一場地震，導致星球上的酸性液體退潮，從而露出通往下一階段的道路。
遊戲中首次引入了密特羅德的完整生命週期，從水母狀的原始形態，進化爲 Alpha、Gamma、Zeta，直到巨大的 Omega 形態，每個形態都具有獨特的攻擊模式和弱點。薩姆斯在本作中獲得了多項重要的新能力，包括：蜘蛛球 ，使其能夠在牆壁和天花板上爬行；彈簧球 ，讓薩姆斯在球形模式下跳躍；以及系列標誌性的空間跳躍 ，實現無限滯空連跳。這些能力的組合運用，是玩家探索 SR388 複雜、缺乏明確地圖指引的迷宮的關鍵。
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