本作はシリーズにおいて画期的な作品であり、後のシリーズの核となる多くの設定や能力が本作で確立されました。前作とは異なり、複雑なマップ構造は採用されておらず、特定数のメトロイドを倒すことがストーリー進行およびマップ解放の条件となっています。各エリアのメトロイドを殲滅するたびに地震が発生し、惑星上の酸性液が引くことで、次のステージへの道が開かれます。
本作では初めてメトロイドの完全なライフサイクルが描かれ、クラゲのような幼生体から、アルファ、ガンマ、ゼータ、そして巨大なオメガ形態へと進化します。各形態はそれぞれ独自の攻撃パターンと弱点を持っています。サムスは本作で数多くの重要な新能力を獲得します。壁や天井を這って移動できる「スパイダーボール」、ボール形態でジャンプが可能になる「スプリングボール」、そして無限に空中ジャンプを続けられるシリーズの象徴的な能力「スペースジャンプ」などです。これらの能力の組み合わせは、明確なマップ表示がない複雑な惑星SR388の迷宮を探索する上での鍵となります。
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