본작은 시리즈에서 기념비적인 의미를 가지며, 이후 시리즈의 핵심이 된 많은 설정과 능력을 확립했습니다. 전작과 달리, 게임은 더 이상 복잡한 맵 구조를 가지고 있지 않으며, 특정 수의 메트로이드를 처치하는 것이 스토리 진행 및 맵 잠금 해제의 조건이 됩니다. 한 구역의 메트로이드를 모두 처치할 때마다 지진이 발생하여 행성의 산성 액체가 빠지면서 다음 단계로 가는 길이 드러납니다.
게임에서 처음으로 메트로이드의 완전한 생명 주기가 도입되었습니다. 해파리 형태의 원시 형태에서 시작하여 알파, 감마, 제타를 거쳐 거대한 오메가 형태로 진화하며, 각 형태는 고유한 공격 패턴과 약점을 가지고 있습니다. 사무스는 본작에서 여러 중요한 신규 능력을 얻게 됩니다. 여기에는 벽과 천장에 붙어 기어 다닐 수 있게 해주는 '스파이더 볼', 볼 형태로 점프할 수 있게 하는 '스프링 볼', 그리고 무한 공중 점프를 가능하게 하는 시리즈의 상징적인 '스페이스 점프'가 포함됩니다. 이러한 능력들을 조합하여 활용하는 것이, 명확한 맵 안내가 부족한 SR388의 복잡한 미궁을 탐험하는 열쇠입니다.
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