《메탈슬러그 3》는 게임 플레이 방식에서 시리즈의 집대성입니다. 이는 플레이어가 끊임없이 앞으로 나아가 권총, 중기관총, 로켓포 등 풍부한 무기를 사용하여 대량의 적을 제거해야 하는 빠른 속도의 Run and Gun(런 앤 건) 게임입니다. 본작의 가장 큰 특징은 상상력이 넘치는 레벨 디자인입니다. 해변에서 설산 동굴, 깊은 고분에서 광활한 우주까지, 장면 변화가 매우 큽니다. 게임 내의 탈것(Slug) 종류가 전례 없이 풍부하며, 메탈슬러그 탱크, 잠수함, 낙타, 헬리콥터, 심지어 우주선까지 포함하며, 각 탈것은 독특한 공격 방식과 방어 능력을 가지고 있습니다. 또한, 처음으로 분기별 경로 설정이 추가되어, 플레이어는 다른 경로를 선택하여 다른 적과 중간 보스를 만나게 됩니다. 최종 보스는 동일하지만, 플레이 경험은 완전히 다르며, 이는 매번 클리어할 때마다 신선함을 느끼게 합니다.
