『ロックマン3』では、Dr.ワイリーは表面上は改心したと見せかけ、Dr.ライトと協力して「平和ロボット」を製造するが、再び邪悪な陰謀を隠している。プレイヤーはロックマンを操作し、8体の新しいロボットマスターに挑戦し、彼らのスキルを吸収して戦う。ゲームにはスライディング操作が追加され、キャラクターの行動がより柔軟になり、補助ロボット「ラッシュ」も導入された。ラッシュはバネ板、潜水艦、ジェットに変形でき、複雑な地形の通過を助ける。ゲームの後半では、前作のボスが改造されたバージョンと再び戦う必要があり、挑戦の難易度が上がり、内容がさらに豊富になっている。
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