《록맨 5》는 스토리적으로 큰 반전을 선사합니다. 시리즈 내내 적이자 친구였던 브루스가 메인 빌런으로 등장하여, 8명의 새로운 로봇 마스터를 이끌고 공격을 시작합니다. 이러한 스토리 설정은 플레이어가 전투를 벌이는 동시에 브루스의 동기에 대해 의문을 품게 만듭니다. 게임 시스템은 전작의 차지 샷을 계승하면서 록맨의 기동성을 더욱 강화했습니다. 특히 러시 제트가 추가되어 복잡한 지형을 자유롭게 비행할 수 있게 되었고, 일부 스테이지의 플랫폼 구간 난이도를 낮춰주었습니다. 또한, 새로운 서포트 로봇인 비트(Beat)가 도입되었습니다. 플레이어는 8개의 보스 스테이지에서 'M', 'E', 'G', 'A', 'M', 'A', 'N', 'V' 8개의 알파벳 파츠를 모으면 비트를 잠금 해제할 수 있으며, 비트는 전투 중에 자동으로 적을 공격하며 도와줍니다. 최종적으로 와일리 성에서 배후가 여전히 와일리 박사임이 밝혀지며, 록맨을 공격했던 '브루스'는 그가 만든 카피 로봇에 불과했습니다.
