『ロックマン5』はストーリー上で大きな謎を投げかけます。シリーズを通して敵でもあり味方でもあったブルースがメインの敵役となり、8体の新たなボスロボットを操って攻撃を仕掛けてきたのです。このようなストーリー設定は、プレイヤーに戦いを進めさせると同時に、ブルースの動機に対する疑問を抱かせます。ゲームシステムは前作のチャージショットをベースに、ロックマンの機動性がさらに強化されました。特にラッシュジェットの追加により、ロックマンは複雑な足場エリアを自由に飛び越えることが可能になり、一部ステージのアスレチック要素の難易度が緩和されています。さらに、新たなサポートロボット「ビート」（Beat）が導入されました。プレイヤーが8大ボスステージで「M」「E」「G」「A」「M」「A」「N」「V」の8つのプレートを集めるとビートがアンロックされ、戦闘中に自動で攻撃をサポートしてくれます。最終的にワイリー城で、黒幕がやはりDr.ワイリーであることが明かされ**、ロックマンを襲った「ブルース」は彼が作り出したコピーロボットに過ぎなかったのです。
