『ロックマンX サイバーミッション』はゲームボーイカラーの作品でありながら、「ロックマンX」シリーズのコアなゲームプレイを凝縮し、携帯機への移植に成功しています。ゲームには「ノーマル」と「エクストリーム」の2つの難易度モードが用意されています。ノーマルモードでは、『X1』と『X2』から選ばれた4体のボスを倒す必要があり、エクストリームモードではさらに別の4体のボスが登場します。本作では新たな黒幕が登場し、サイバーウイルスを利用してエックスに倒されたイレギュラーたちを復活させようとします。エックスはシリーズ本編と同様に、ライフを増やす「ハートタンク」を集めたり、「アーマーパーツ」を入手してチャージショットや防御力アップといった能力を強化したりできます。特筆すべきは、本作にはパスワードシステムも搭載されており、GBCの限られたセーブ機能の中でもゲームの進行状況を保存しやすくなっています。ゲーム全体のステージデザインはコンパクトで、難易度は比較的高く、プレイヤーのXシリーズにおける操作スキルが試されます。