『ロックマン4』はゲームシステムに革新をもたらしました。最大の目玉は、ロックマンが攻撃ボタンを長押しすることでエネルギーを溜め、強力な「チャージショット」を放てるようになったことです。これにより通常のロックバスターも頼りがいのある武器になりましたが、ゲームでは引き続き8大ボス（トードマン、ブライトマン、ファラオマンなど）を倒し、彼らの特殊武器を手に入れることが推奨されています。特殊武器は、その後のステージ攻略や特定のボスを倒す鍵となります。ステージデザインはシリーズ伝統の高難易度かつ巧妙なギミックを引き継いでおり、さらに空中でジャンプできる「ワイヤーアダプター」や、足場となる風船を発射できる「バルーンアダプター」といったユニークなアイテムも追加されました。ストーリー面では、当初の黒幕として新キャラクターのコサック博士が登場しますが、物語の最終盤でシリーズおなじみの宿敵であるDr.ワイリーの陰謀が明らかになり、サスペンスとドラマ性を加えています。
